Phylogenetic analysis of<i>Ganoderma</i>based on nearly complete mitochondrial small-subunit ribosomal DNA sequences
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Notice bibliographique
Résumé
Characteristics and structures of mt SSU rDNA were investigated for the phylogenetic study of Ganoderma. Phylogenetic information was concentrated mostly in the V1, V4, V5, V6 and V9 variable domains, but informative sites in conserved domains also significantly contributed in resolving phylogenetic relationships between Ganoderma groups. Secondary structure information of variable domains was found to be a useful marker in delineation of phylogenetic groups. Strains of Ganoderma species used in this study were divided into six monophyletic groups. Ganoderma colossus made a distinct basal lineage from other Ganoderma species and Tomophagus, created for G. colosuss, appeared to be a valid genus. Ganoderma applanatum and G. lobatum classified in subgenus Elfvingia made a monophyletic group. Ganoderma tsugae from North America and G. valesiacum from Europe, both living on conifers, were closely related. Ganoderma oregonense and strains labeled G. lucidum from Europe and Canada were grouped with G. tsugae and G. valesiacum. Strains labeled G. lucidum living on hardwoods from the United States and Taiwan were grouped with G. resinaceum, G. pfeifferi and G. subamboinense var. laevisporum, and they all produced chlamydospores. Two strains labeled G. lucidum and three strains labeled G. resinaceum from America were concluded to be conspecific. Strains labeled G. lucidum from Korea and Japan were monophyletic and were distinguished from strains labeled G. lucidum from Europe and North America. Host relationships and the presence of chlamydospores in culture proved to be important characteristics in the systematics as well as the phylogenetic relationships of Ganoderma.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle