A simple method for eliminating fixed‐region interference of aptamer binding during SELEX
Notice bibliographique
Résumé
Standard libraries for systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) typically utilize flanking regions that facilitate amplification of aptamers recovered from each selection round. Here, we show that these flanking sequences can bias the selection process, due in part to their ability to interfere with the fold or function of aptamers localized within the random region of the library sequence. We then address this problem by investigating the use of complementary oligonucleotides as a means to block aptamer interference by each flanking region. Isothermal titration calorimetry (ITC) studies are combined with fold predictions to both define the various interference mechanisms and assess the ability of added complementary oligonucleotides to ameliorate them. The proposed blocking strategy is thereby refined and then applied to standard library forms of benchmark aptamers against human α-thrombin, streptavidin, and vascular endothelial growth factor (VEGF). In each case, ITC data show that the new method effectively removes fixed-region mediated interference effects so that the natural binding affinity of the benchmark aptamer is completely restored. We further show that the binding affinities of properly functioning aptamers within a selection library are not affected by the blocking protocol, and that the method can be applied to various common library formats comprised of different flanking region sequences. Finally, we present a rapid and inexpensive qPCR-based method for determining the mean binding affinity of retained aptamer pools and use it to show that introduction of the pre-blocking method into the standard SELEX protocol results in retention of high-affinity aptamers that would otherwise be lost during the first round of selection. Significant enrichment of the available pool of high-affinity aptamers is thereby achieved in the first few rounds of selection. By eliminating single-strand (aptamer-like) structures within or involving the fixed regions, the technique is therefore shown to isolate aptamer sequence and function within the desired random region of the library members, and thereby provide a new selection method that is complementary to other available SELEX protocols.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».