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Enregistrement W2157058754 · doi:10.5376/ijms.2015.05.0055

Sequence Analysis and Molecular Phylogeny of 16S rRNA Gene Fragments in Four Species of the Penaeid Shrimps from the Sudanese Red Sea

2015· article· en· W2157058754 sur OpenAlexvenueno aff
Mohd Yusof Ibrahim

Notice bibliographique

RevueInternational Journal of Marine Science · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic diversity and population structure
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clés16S ribosomal RNABiologyPhylogeneticsGene sequenceGeneZoologyMolecular phylogeneticsSequence (biology)Ribosomal RNAEvolutionary biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Penaeid shrimps are of biological and economic importance and are highly in demand for human consumption. Four species of the penaeid decapod crustaceans, Finneropenaeus indicus , Penaeus monodon , P. semisulcatus and Metapenaeus monoceros were studied. Haplotype and nucleotide diversity were combined to assess the phylogenetic relationships of the penaeid shrimp species and populations of the Finneropenaeus indicus . Shrimp specimens were collected at different locations of Baaboud and Alkhairat aquafarms and from the wild. Phylogenetic relationships among the penaeid shrimp species and genetic diversity of F. indicus populations were assessed using partial mtDNA 16S rRNA gene (480 bp). Genetic distances among the species were done. The Genetic differentiation between F. indicus population (Baaboud –Alkhairat; Baaboud-Wild; Alkhairat- Wild) was found 0.10957, 0.12459 and 0.14817 respectively. No clear indication of differentiation between 16S rRNA tree branches of the populations of Alkhairat and Baaboud from the wild population, which may be attributed to the common collection sites of brood stocks and/or post larvae (PL’s) besides the absence of hydrological and physical barriers. M. monoceros formed a distant sister taxon to all other Penaeus species.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,324
Score d'incertitude au seuil0,172

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,264
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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