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Enregistrement W2157060317 · doi:10.1074/jbc.m109.019042

Red Fluorescent Protein pH Biosensor to Detect Concentrative Nucleoside Transport

2009· article· en· W2157060317 sur OpenAlexafffund
Danielle Johnson, Hui‐wang Ai, Peter Wong, James D. Young, Robert E. Campbell, Joseph R. Casey

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Fluorescence Microscopy Techniques
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of California, San DiegoNational Cancer InstituteAlberta Heritage Foundation for Medical ResearchFondation pour la Recherche Médicale
Mots-clésFluorescenceChemistryNucleosideBiosensorFluorescent proteinBiochemistryChromatographyGreen fluorescent protein

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Human concentrative nucleoside transporter, hCNT3, mediates Na ؉ /nucleoside and H ؉ /nucleoside co-transport.We describe a new approach to monitor H ؉ /uridine co-transport in cultured mammalian cells, using a pH-sensitive monomeric red fluorescent protein variant, mNectarine, whose development and characterization are also reported here.A chimeric protein, mNectarine fused to the N terminus of hCNT3 (mNect.hCNT3),enabled measurement of pH at the intracellular surface of hCNT3.mNectarine fluorescence was monitored in HEK293 cells expressing mNect.hCNT3or mNect.hCNT3-F563C,an inactive hCNT3 mutant.Free cytosolic mNect, mNect.hCNT3,and the traditional pH-sensitive dye, BCECF, reported cytosolic pH similarly in pH-clamped HEK293 cells.Cells were incubated at the permissive pH for H ؉ -coupled nucleoside transport, pH 5.5, under both Na ؉ -free and Na ؉ -containing conditions.In mNect.hCNT3-expressingcells (but not under negative control conditions) the rate of acidification increased in media containing 0.5 mM uridine, providing the first direct evidence for H ؉ -coupled uridine transport.At pH 5.5, there was no significant difference in uridine transport rates (coupled H ؉ flux) in the presence or absence of Na ؉ (1.09 ؎ 0.11 or 1.18 ؎ 0.32 mM min ؊1 , respectively).This suggests that in acidic Na ؉ -containing conditions, 1 Na ؉ and 1 H ؉ are transported per uridine molecule, while in acidic Na ؉ -free conditions, 1 H ؉ alone is transported/uridine.In acid environments, including renal proximal tubule, H ؉ /nucleoside co-transport may drive nucleoside accumulation by hCNT3.Fusion of mNect to hCNT3 provided a simple, self-referencing, and effective way to monitor nucleoside transport, suggesting an approach that may have applications in assays of transport activity of other H ؉ -coupled transport proteins.Nucleosides are hydrophilic molecules that require transport proteins to mediate their movement across the plasma membrane (1).Human (h) 7 nucleoside transport (NT) proteins catalyze the vectorial transport of nucleosides, using either concentrative (C) or equilibrative (E) mechanisms (2).hCNTs use either a Na ϩ or H ϩ gradient to accumulate nucleosides against their concentration gradient, whereas hENTs mediate facilitated diffusion of nucleosides down their concentration gradient (3).Nucleoside transporters also transport anti-cancer and anti-viral drugs, and cellular expression of nucleoside transporters is important in cancer therapy as well as in the treatment of cardiovascular, parasitic, and viral diseases (4, 5).Members of the SLC28 family of concentrative nucleoside transporters (CNTs) divide into two phylogenetic subfamilies: hCNT1/2 belonging to one subfamily, and hCNT3 to the other (6 -8).Cation substitution and charge/flux ratio studies suggest that hCNT1/2 couple the inward movement of nucleoside to the Na ϩ electrochemical gradient with a 1:1 stoichiometry, whereas hCNT3 can couple nucleoside transport to either the Na ϩ gradient (2 Na ϩ :1 nucleoside) or a H ϩ gradient (1 H ϩ :1 nucleoside) in the absence of Na ϩ (9, 10).The 2:1 coupling ratio of hCNT3 allows it to develop a trans-membrane nucleoside concentration gradient up to 10-fold higher than that of hCNT1 or hCNT2 (9, 11).At pH 5.5, hCNT3 also transports uridine in the presence of Na ϩ with a 2 cation:1 nucleoside stoichiometry, which raises the possibility that 1 H ϩ and 1 Na ϩ may be transported per nucleoside molecule in these conditions (9 -12).Up to this point, however, there has been no direct demonstration that hCNT3 can transport H ϩ .Concentrative nucleoside transport has previously been investigated using the Xenopus laevis oocyte expression system and both electrophysiology (two-microelectrode voltage clamp technique) and radioisotope flux measurements (6 -9, 12).Electrophysiological experiments are advantageous in that they

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations70
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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