The Transition from a Phytopathogenic Smut Ancestor to an Anamorphic Biocontrol Agent Deciphered by Comparative Whole-Genome Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Pseudozyma flocculosa is related to the model plant pathogen Ustilago maydis yet is not a phytopathogen but rather a biocontrol agent of powdery mildews; this relationship makes it unique for the study of the evolution of plant pathogenicity factors. The P. flocculosa genome of ~23 Mb includes 6877 predicted protein coding genes. Genome features, including hallmarks of pathogenicity, are very similar in P. flocculosa and U. maydis, Sporisorium reilianum, and Ustilago hordei. Furthermore, P. flocculosa, a strict anamorph, revealed conserved and seemingly intact mating-type and meiosis loci typical of Ustilaginales. By contrast, we observed the loss of a specific subset of candidate secreted effector proteins reported to influence virulence in U. maydis as the singular divergence that could explain its nonpathogenic nature. These results suggest that P. flocculosa could have once been a virulent smut fungus that lost the specific effectors necessary for host compatibility. Interestingly, the biocontrol agent appears to have acquired genes encoding secreted proteins not found in the compared Ustilaginales, including necrosis-inducing-Phytophthora-protein- and Lysin-motif- containing proteins believed to have direct relevance to its lifestyle. The genome sequence should contribute to new insights into the subtle genetic differences that can lead to drastic changes in fungal pathogen lifestyles.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».