Evaluation of Small Sample cDNA Amplification for Microdissected Airway Expression Profiling in COPD
Notice bibliographique
Résumé
Small airway obstruction and emphysematous destruction account for the airflow limitation that defines chronic obstructive pulmonary disease (COPD). While laser capture microdissection (LCM) allows gene expression studies in small airways separately from the surrounding parenchyma, tissue size limits the number of genes examined. The present study evaluates the Clontech SMART amplification to test the hypothesis that this amplification provides RNA in sufficient quantity and quality to evaluate large numbers of genes in airways < 2 mm diameter obtained by LCM. Commercial reference RNA was amplified 200-fold and the expression levels of 51 genes relative to the unamplified RNA had a correlation coefficient of 0.84. For two pairs of RNA preparations (commercial placenta versus commercial lung; lung sections prepared for LCM from GOLD 0 (at risk for COPD) versus GOLD 2 (moderate disease) patients linear regression of Delta Ct's (delta cycle thresholds) of unamplified versus amplified RNA gave correlation coefficients of R = 0.95. In RNA from microdissected small airways, expression patterns in all GOLD classes of COPD severity were very similar between unamplified and amplified RNA. We conclude that SMART amplification provides cDNA sufficient for studying large numbers of genes even in laser-captured small airways and this cDNA maintains the relative expression found in corresponding unamplified RNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».