Algoriphagus machipongonensis sp. nov., co-isolated with a colonial choanoflagellate
Notice bibliographique
Résumé
A Gram-negative, non-motile, non-spore-forming bacterial strain, PR1(T), was isolated from a mud core sample containing colonial choanoflagellates near Hog Island, Virginia, USA. Strain PR1(T) grew optimally at 30 °C and with 3 % (w/v) NaCl. Strain PR1(T) contained MK-7 as the major menaquinone as well as carotenoids but lacked pigments of the flexirubin-type. The predominant fatty acids were iso-C(15 : 0) (29.4 %), iso-C(17 : 1)ω9c (18.5 %) and summed feature 3 (C(16 : 1)ω6c and/or C(16 : 1)ω7c; 11.3 %). The major polar lipids detected in strain PR1(T) were phosphatidylethanolamine, an unknown phospholipid, an aminophospholipid, an aminolipid and two lipids of unknown character. The DNA G+C content was 38.7 mol%. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that strain PR1(T) fell within the cluster comprising the genus Algoriphagus and was most closely related to Algoriphagus halophilus JC 2051(T) (95.4 % sequence similarity) and Algoriphagus lutimaris S1-3(T) (95.3 % sequence similarity). The 16S rRNA gene sequence similarity between strain PR1(T) and the type strains of other species of the genus Algoriphagus were in the range 91-95 %. Differential phenotypic properties and phylogenetic and genetic distinctiveness of strain PR1(T) demonstrated that this strain was distinct from other members of the genus Algoriphagus, including its closest relative, A. halophilus. Based on phenotypic, chemotaxonomic, phylogenetic and genomic data, strain PR1(T) should be placed in the genus Algoriphagus as a representative of a novel species, for which the name Algoriphagus machipongonensis sp. nov. is proposed. The type strain is PR1(T) (= ATCC BAA-2233(T) = DSM 24695(T)).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».