Genetic Characterization and Phylogenetic Analysis of Porcine Circovirus Type 2 in Thai Pigs with Porcine Circovirus Associated Diseases (PCVAD) during 2007-2010
Notice bibliographique
Résumé
Porcine circovirus type 2 (PCV2) was first recognized as a causative agent of post weaning multisystemicsyndrome or PMWS in Canada in 1991. Subsequently, it has been reported in almost all intensive pig productioncountries, and currently all associated diseases linked to PCV2 are included under the term porcine circovirusassociated diseases or PCVAD. PCV2 can be divided into 2 major genotypes referred to genotype 1 (PCV2b) andgenotype 2 (PCV2a). In Thailand, PMWS was first reported in 1998. However, only one isolate of Thai PCV2 from ourgroup has been submitted to GenBank (AY864814). Therefore, the objective of this study was to determine thegenetic characterizations of 12 ORF2 of PCV2 isolates from Thai pigs with PCVAD during 2007-2010. Twelve ThaiPCV2 sequences were analyzed together with 19 representative ORF2 sequences. Interestingly, all 12 recent ThaiPCV2 sequences belong to genotype 1 consisting of subgroup 1A/B (10/12, 83.33%) and 1C (2/12, 16.67%). Insummary, based on genetic characterization and phylogenetic analysis, a few specific substitution patterns wereobserved in amino acid positions and genotype 1, subgroup 1A/B was predominated in Thai pigs with PCVAD inthis study. More samples are needed to investigate the existence of genotype 2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».