Properties of CsnR, the Transcriptional Repressor of the Chitosanase Gene, <i>csnA</i> , of Streptomyces lividans
Notice bibliographique
Résumé
A palindromic sequence is present in the intergenic region preceding the chitosanase gene csnA (SSPG_06922) of Streptomyces lividans TK24. This sequence was also found in front of putative chitosanase genes in several other actinomycete genomes and upstream genes encoding putative transcriptional regulators of the ROK family, including csnR (SSPG_04872) in S. lividans. The latter was examined as a possible transcriptional regulator (CsnR) of chitosanase gene expression. In vitro, purified CsnR bound strongly to the palindromic sequences of the csnA and csnR genes (equilibrium dissociation constant [K(D)] = 0.032 and 0.040 nM, respectively). Binding was impaired in the presence of chitosan oligosaccharides and d-glucosamine, and chitosan dimer was found to be the best effector, as determined by an equilibrium competition experiment and 50% inhibitory concentration (IC(50)) determination, while glucose, N-acetyl-glucosamine, and galactosamine had no effect. In vivo, comparison of the S. lividans wild type and ΔCsnR strains using β-lactamase reporter genes showed that CsnR represses the expression of csnA and of its own gene, which was confirmed by quantitative PCR (qPCR). CsnR is localized at the beginning of a gene cluster, possibly an operon, the organization of which is conserved through many actinomycete genomes. The CsnR-mediated chitosanase regulation mechanism seems to be widespread among actinomycetes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».