Species-Level Deconvolution of Metagenome Assemblies with Hi-C–Based Contact Probability Maps
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Prédiction distillée sur la base complète
Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
- Catégories candidates
- Méta-épidémiologie (sens strict)
- Catégories consensuelles
- aucune
- Domaine
- Signal candidat: aucuneSignal consensuel: aucune
- Devis d'étude
- Signal candidat: Expérimental (laboratoire)Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
- Genre
- Signal candidat: EmpiriqueSignal consensuel: Empirique
- Score de désaccord entre enseignants
- 0,411
- Score d'incertitude au seuil
- 1,000
- Statut de validation
machine_predicted_unvalidated·codex-gemma-dda1882f352a
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Microbial communities consist of mixed populations of organisms, including unknown species in unknown abundances. These communities are often studied through metagenomic shotgun sequencing, but standard library construction methods remove long-range contiguity information; thus, shotgun sequencing and de novo assembly of a metagenome typically yield a collection of contigs that cannot readily be grouped by species. Methods for generating chromatin-level contact probability maps, e.g., as generated by the Hi-C method, provide a signal of contiguity that is completely intracellular and contains both intrachromosomal and interchromosomal information. Here, we demonstrate how this signal can be exploited to reconstruct the individual genomes of microbial species present within a mixed sample. We apply this approach to two synthetic metagenome samples, successfully clustering the genome content of fungal, bacterial, and archaeal species with more than 99% agreement with published reference genomes. We also show that the Hi-C signal can secondarily be used to create scaffolded genome assemblies of individual eukaryotic species present within the microbial community, with higher levels of contiguity than some of the species' published reference genomes.
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La notice
- Revue
- G3 Genes Genomes Genetics
- Thématique
- Genomics and Phylogenetic Studies
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- non disponible
- Organismes subventionnaires
- National Human Genome Research InstituteAgricultural Research ServiceNational Institute of General Medical SciencesCanadian Institute for Advanced ResearchU.S. Department of AgricultureU.S. Department of EnergyNational Institutes of HealthNational Science Foundation
- Mots-clés
- MetagenomicsGenomeShotgunBiologyContiguityComputational biologyShotgun sequencingContigEvolutionary biologyGeneticsGeneEcology
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui