PhosphoSitePlus: a comprehensive resource for investigating the structure and function of experimentally determined post-translational modifications in man and mouse
Notice bibliographique
Résumé
PhosphoSitePlus (http://www.phosphosite.org) is an open, comprehensive, manually curated and interactive resource for studying experimentally observed post-translational modifications, primarily of human and mouse proteins. It encompasses 1,30,000 non-redundant modification sites, primarily phosphorylation, ubiquitinylation and acetylation. The interface is designed for clarity and ease of navigation. From the home page, users can launch simple or complex searches and browse high-throughput data sets by disease, tissue or cell line. Searches can be restricted by specific treatments, protein types, domains, cellular components, disease, cell types, cell lines, tissue and sequences or motifs. A few clicks of the mouse will take users to substrate pages or protein pages with sites, sequences, domain diagrams and molecular visualization of side-chains known to be modified; to site pages with information about how the modified site relates to the functions of specific proteins and cellular processes and to curated information pages summarizing the details from one record. PyMOL and Chimera scripts that colorize reactive groups on residues that are modified can be downloaded. Features designed to facilitate proteomic analyses include downloads of modification sites, kinase-substrate data sets, sequence logo generators, a Cytoscape plugin and BioPAX download to enable pathway visualization of the kinase-substrate interactions in PhosphoSitePlus®.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,076 | 0,057 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».