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Enregistrement W2157717773 · doi:10.1158/1055-9965.epi-13-0028

Analysis of Over 10,000 Cases Finds No Association between Previously Reported Candidate Polymorphisms and Ovarian Cancer Outcome

2013· article· en· W2157717773 sur OpenAlexfundno aff
Kristin L. White, Robert A. Vierkant, Zachary C. Fogarty, Bridget Charbonneau, Matthew S. Block, Paul D.P. Pharoah, Georgia Chenevix‐Trench, Mary Anne Rossing, Daniel W. Cramer, Celeste Leigh Pearce, Joellen M. Schildkraut, Usha Menon, Susanne K. Kjær, Douglas A. Levine, Jacek Gronwald, Hoda Anton Culver, Alice S. Whittemore, Beth Y. Karlan, Diether Lambrechts, Nicolas Wentzensen, Jolanta Kupryjańczyk, Jenny Chang‐Claude, Elisa V. Bandera, Estrid Høgdall, Florian Heitz, Stanley B. Kaye, Peter A. Fasching, Ian Campbell, Marc T. Goodman, Tanja Pejović, Yukie T. Bean, Galina Lurie, Diana Eccles, Alexander Hein, Matthias W. Beckmann, Arif B. Ekici, James Paul, Robert Brown, James M. Flanagan, Philipp Harter, Andreas du Bois, Ira Schwaab, Claus Høgdall, Lene Lundvall, Sara H. Olson, Irene Orlow, Lisa E. Paddock, Anja Rudolph, Ursula Eilber, Agnieszka Dansonka‐Mieszkowska, Iwona K. Rzepecka, Izabela Ziółkowska-Seta, Louise A. Brinton, Hannah Yang, Montserrat García‐Closas, Evelyn Despierre, Sandrina Lambrechts, Ignace Vergote, Christine Walsh, Jenny Lester, Weiva Sieh, Valerie McGuire, Joseph H. Rothstein, Argyrios Ziogas, Jan Lubiński, Cezary Cybulski, Janusz Menkiszak, Allan Jensen, Simon A. Gayther, Susan J. Ramus, Aleksandra Gentry‐Maharaj, Andrew Berchuck, Anna H. Wu, Malcolm C. Pike, David Van DenBerg, Kathryn L. Terry, Allison F. Vitonis, Jennifer A. Doherty, Sharon E. Johnatty, Anna DeFazio, Honglin Song, Jonathan P. Tyrer, Thomas A. Sellers, Catherine M. Phelan, Kimberly R. Kalli, Julie M. Cunningham, Brooke L. Fridley, Ellen L. Goode

Notice bibliographique

RevueCancer Epidemiology Biomarkers & Prevention · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOvarian cancer diagnosis and treatment
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthCancer Research UK
Mots-clésOvarian cancerSingle-nucleotide polymorphismOncologyMedicineCancerInternal medicineGenotypeSNPProportional hazards modelERCC1Survival analysisDiseaseGenetic associationBioinformaticsGenome-wide association studyBiologyGeneticsDNA repairGeneNucleotide excision repair

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Ovarian cancer is a leading cause of cancer-related death among women. In an effort to understand contributors to disease outcome, we evaluated single-nucleotide polymorphisms (SNP) previously associated with ovarian cancer recurrence or survival, specifically in angiogenesis, inflammation, mitosis, and drug disposition genes. METHODS: Twenty-seven SNPs in VHL, HGF, IL18, PRKACB, ABCB1, CYP2C8, ERCC2, and ERCC1 previously associated with ovarian cancer outcome were genotyped in 10,084 invasive cases from 28 studies from the Ovarian Cancer Association Consortium with over 37,000-observed person-years and 4,478 deaths. Cox proportional hazards models were used to examine the association between candidate SNPs and ovarian cancer recurrence or survival with and without adjustment for key covariates. RESULTS: We observed no association between genotype and ovarian cancer recurrence or survival for any of the SNPs examined. CONCLUSIONS: These results refute prior associations between these SNPs and ovarian cancer outcome and underscore the importance of maximally powered genetic association studies. IMPACT: These variants should not be used in prognostic models. Alternate approaches to uncovering inherited prognostic factors, if they exist, are needed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,014
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,023

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,014
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,062
Tête enseignante GPT0,381
Écart entre enseignants0,318 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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