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Enregistrement W2157792089 · doi:10.1093/protein/gzs014

A VL single-domain antibody library shows a high-propensity to yield non-aggregating binders

2012· article· en· W2157792089 sur OpenAlexaff
Greg Hussack, A. Keklikian, Jawaher Alsughayyir, Pejman Hanifi-Moghaddam, Mehdi Arbabi‐Ghahroudi, Henk van Faassen, Sheng‐Tao Hou, Subash Sad, Roger MacKenzie, Jamshid Tanha

Notice bibliographique

RevueProtein Engineering Design and Selection · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMonoclonal and Polyclonal Antibodies Research
Établissements canadiensCarleton UniversityUniversity of GuelphNational Research Council CanadaInstitute for Biological SciencesSteacie Institute for Molecular SciencesUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAntigenPhage displayYield (engineering)Computational biologyPeptide libraryRecombinant DNAComplementarity (molecular biology)ChemistryAntibodyCombinatorial chemistryBiologyGeneticsBiochemistryMaterials sciencePeptide sequenceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A synthetic human V(L) phage display library, created by the randomization of all complementarity-determining regions (CDRs) in a V(L) scaffold, was panned against three test antigens to determine the propensity of the library to yield non-aggregating binders. A total of 22 binders were isolated against the test antigens and the majority (20) were monomeric. Thus, human V(L) repertoires provide an efficient source of non-aggregating binders and represent an attractive alternative to human V(H) repertoires, which are notorious for containing high proportions of aggregating species. Moreover, the solubility of V(L)s, in contrast to V(H)s, appears much less CDR dependent.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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