A Comparison of Stock and Individual Identification for Chinook Salmon in British Columbia Provided by Microsatellites and Single-Nucleotide Polymorphisms
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The following questions were addressed in this study: (1) If a suite of 12–15 microsatellites were used in the genetic stock identification (GSI) of Chinook salmon Oncorhynchus tshawytscha, which microsatellites should be in the suite? (2) How many microsatellites are required to provide stock identification resolution equivalent to that of 72 single-nucleotide polymorphisms (SNPs)? (3) How many SNPs are required to replace the current microsatellite baselines used in GSI applications? (4) If additional GSI power is required for microsatellite baselines, what is the incremental increase provided by SNPs and microsatellites? The variation at 29 microsatellite loci and 73 SNP loci was surveyed in 60 populations of Chinook salmon in 16 regions in British Columbia. Microsatellites with more observed alleles provided more accurate estimates of stock composition than those with fewer alleles. The options available for improving the accuracy and precision of stock composition estimates for a 12-locus Fisheries and Oceans Canada (DFO) microsatellite suite range include adding either 4 microsatellites or 25 SNPs to the existing suite to achieve an overall population-specific accuracy of 86% across 60 populations. For the 13-locus Genetic Analysis of Pacific Salmon (GAPS) microsatellites, either 2 microsatellites or 20–25 SNPs can be added to the existing suite to achieve approximately 86% population-specific accuracy in estimated stock composition. The enhanced DFO (16 loci) and GAPS (15 loci) microsatellite baselines were projected to require 179 and 166 SNPs, respectively, for equivalent precision of the population-specific estimates. The level of regional accuracy of individual assignment available from the enhanced DFO and GAPS suites of microsatellites was projected to require 90 and 82 SNPs, respectively. The level of individual assignment to specific populations available from the enhanced DFO and GAPS suites of microsatellites was projected to require 137 and 121 SNPs, respectively. Received January 10, 2011; accepted August 22, 2011
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».