New methods to identify conserved microsatellite loci and develop primer sets of high cross‐species utility – as demonstrated for birds
Notice bibliographique
Résumé
We have developed a new approach to create microsatellite primer sets that have high utility across a wide range of species. The success of this method was demonstrated using birds. We selected 35 avian EST microsatellite loci that had a high degree of sequence homology between the zebra finch Taeniopygia guttata and the chicken Gallus gallus and designed primer sets in which the primer bind sites were identical in both species. For 33 conserved primer sets, on average, 100% of loci amplified in each of 17 passerine species and 99% of loci in five non-passerine species. The genotyping of four individuals per species revealed that 24-76% (mean 48%) of loci were polymorphic in the passerines and 18-26% (mean 21%) in the non-passerines. When at least 17 individuals were genotyped per species for four Fringillidae finch species, 71-85% of loci were polymorphic, observed heterozygosity was above 0.50 for most loci and no locus deviated significantly from Hardy-Weinberg proportions. This new set of microsatellite markers is of higher cross-species utility than any set previously designed. The loci described are suitable for a range of applications that require polymorphic avian markers, including paternity and population studies. They will facilitate comparisons of bird genome organization, including genome mapping and studies of recombination, and allow comparisons of genetic variability between species whilst avoiding ascertainment bias. The costs and time to develop new loci can now be avoided for many applications in numerous species. Furthermore, our method can be readily used to develop microsatellite markers of high utility across other taxa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».