Genomic and proteomic characterization of Gordonia sp. NB4-1Y in relation to 6 : 2 fluorotelomer sulfonate biodegradation
Notice bibliographique
Résumé
Gordonia sp. strain NB4-1Y was isolated from vermicompost using bis-(3-pentafluorophenylpropyl)-sulfide as the sole added sulfur source and was found to have a broad capacity for metabolizing organosulfur compounds. NB4-1Y is closely related to G. desulfuricans and was found to metabolize 6 : 2 fluorotelomer sulfonate (6 : 2 FTS) to 5 : 3 fluorotelomer acid (5 : 3 acid) via 6 : 2 fluorotelomer acid (6 : 2 FTCA), 6 : 2 unsaturated fluorotelomer acid (6 : 2 FTUCA) and 5 : 3 unsaturated fluorotelomer acid (5 : 3 Uacid). Given that the molecular and biochemical basis for the microbial metabolism of poly- and per-fluorinated compounds has yet to be examined, we undertook to investigate 6 : 2 FTS metabolism in NB4-1Y. To this end, a whole-genome shotgun sequence was prepared and two-dimensional differential in-gel electrophoresis was used to compare proteomes of MgSO4- and 6 : 2 FTS-grown cells. Of the three putative alkanesulfonate monooxygenases, four nitrilotriacetate monooxygenases and one taurine dioxygenase located in the draft genome, two nitrilotriacetate monooxygenases were differentially expressed in the presence of 6 : 2 FTS. It is hypothesized that these two enzymes may be responsible for 6 : 2 FTS desulfonation. In addition, a differentially expressed putative double bond reductase may be involved in the reduction of 5 : 3 Uacid to 5 : 3 acid. Other proteins differentially expressed during 6 : 2 FTS metabolism included a sulfate ABC transporter ATP-binding protein and two alkyl hydroperoxide reductases. This work establishes a foundation for future studies on the molecular biology and biochemistry of poly- and per-fluorinated compound metabolism in bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».