The Gene Set Builder: collation, curation, and distribution of sets of genes
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: In bioinformatics and genomics, there are many applications designed to investigate the common properties for a set of genes. Often, these multi-gene analysis tools attempt to reveal sequential, functional, and expressional ties. However, while tremendous effort has been invested in developing tools that can analyze a set of genes, minimal effort has been invested in developing tools that can help researchers compile, store, and annotate gene sets in the first place. As a result, the process of making or accessing a set often involves tedious and time consuming steps such as finding identifiers for each individual gene. These steps are often repeated extensively to shift from one identifier type to another; or to recreate a published set. In this paper, we present a simple online tool which - with the help of the gene catalogs Ensembl and GeneLynx - can help researchers build and annotate sets of genes quickly and easily. DESCRIPTION: The Gene Set Builder is a database-driven, web-based tool designed to help researchers compile, store, export, and share sets of genes. This application supports the 17 eukaryotic genomes found in version 32 of the Ensembl database, which includes species from yeast to human. User-created information such as sets and customized annotations are stored to facilitate easy access. Gene sets stored in the system can be "exported" in a variety of output formats - as lists of identifiers, in tables, or as sequences. In addition, gene sets can be "shared" with specific users to facilitate collaborations or fully released to provide access to published results. The application also features a Perl API (Application Programming Interface) for direct connectivity to custom analysis tools. A downloadable Quick Reference guide and an online tutorial are available to help new users learn its functionalities. CONCLUSION: The Gene Set Builder is an Ensembl-facilitated online tool designed to help researchers compile and manage sets of genes in a user-friendly environment. The application can be accessed via http://www.cisreg.ca/gsb/.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».