Systemic juvenile idiopathic arthritis is associated with HLA-DRB1 in Europeans and Americans of European descent
Notice bibliographique
Résumé
We genotyped 576 children fulfilling ILAR criteria for systemic arthritis and 366 control subjects free of sJIA or autoimmune disease. The collection included 205 cases and 210 controls from Cincinnati Children’s Hospital, 185 cases from the repository at University of Manchester, 56 cases and 60 controls from University of Genova, 54 cases from Hacettepe University, 42 cases from the University of Utah, 34 cases from Stanford University, and 96 controls from Istanbul University. SNP genotyping was performed using Illumina Omni1M Quad v1.0 beadchips and iScan platform. Omni1M beadchip data from 60 unrelated CEU HapMap individuals were obtained through Illumina’s iControlDB. SNP associations were evaluated using SNP & Variation Suite 7, excluding SNPs with call rates below 95%, minor allele frequencies below 0.05, or Hardy-Weinberg Equilibrium p below 0.001, producing a dataset of 690,672 SNPs in 576 cases and 426 controls. To address population stratification, we employed principal components (PC) analysis to identify and exclude samples with differing genetic backgrounds. We excluded 60 sJIA samples on this basis, reducing the size of the collection for final analysis to 516 cases and 426 controls. After correcting for the top 10 PCs, the genomic inflation factor reflected minimal population stratification (λ GC = 1.01). We identified 12 SNPs within HLA-DRB1 with PC-corrected associations that exceeded a stringent threshold for genome-wide significance (p < 5 x 10 ). These SNPs were part of a larger group of 45 SNPs with p < 5 x 10 in the MHC class II gene cluster. The effect size of the sJIA-associated SNPs ranged from odds ratios of 1.45 to 1.65. Notably, the effect size of this association is modest, relative to the effect of associated HLA genes in other JIA subtypes and other autoimmune diseases. Figure 1 . SNP Associations surrounding HLA-DRB1 in sJIA. Displayed is a plot of the PC-corrected –log 20 p values of association for SNPs surrounding HLA-DRB1 . Horizontal line at y=7.3 represents genome-wide significance threshold (p < 5x10 ). A large collaborative effort to identify sJIA patients and a careful genetic matching strategy have allowed us to clearly detect an association signal within the class II region of the MHC of sJIA patients, albeit with more modest effect sizes than those detected in other JIA subtypes. This suggests at least some contribution of autoimmunity to the pathogenesis of this complex disorder.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».