Genome trimming: A unique strategy for replication control employed by Borna disease virus
Notice bibliographique
Résumé
Genome and antigenome synthesis of negative-strand RNA viruses is initiated at promoters located in inverted terminal repeats (ITR). The ITR of Borna disease virus (BDV), a persisting neurotropic virus with a nuclear replication phase, are exceptional in that they appear to be noncomplete. Our analysis showed that the vast majority of genomic and antigenomic RNA molecules of BDV lack four 5'-terminal nucleotides required for perfect complementarity with the 3' ITR. By using a previously undescribed reverse genetics system, we investigated whether the structure of the ITR would affect virus propagation. BDV rescued from cDNA encoding complete ITR (rBDVc) showed wild-type virulence, whereas virus rescued from cDNA encoding a viral genome with noncomplete ITR (rBDVnc) was strongly attenuated. Both recombinant viruses expressed similar RNA and protein levels in persistently infected cells. However, rBDVnc particles were less infectious, indicating that complete ITR are required for high viral replicase but not transcriptase activity. Interestingly, genomic RNA from purified rBDVc particles lacked 5'-terminal nucleotides like authentic BDV, strongly suggesting programmed genome truncation. By specifically trimming its genome at the 5' terminus, BDV seems to limit viral genome amplification, which may favor noncytolytic viral persistence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».