Circos: An information aesthetic for comparative genomics

2009· article· en· 11 925 citations· W2158804744 sur OpenAlex· 10.1101/gr.092759.109

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Résumé

We created a visualization tool called Circos to facilitate the identification and analysis of similarities and differences arising from comparisons of genomes. Our tool is effective in displaying variation in genome structure and, generally, any other kind of positional relationships between genomic intervals. Such data are routinely produced by sequence alignments, hybridization arrays, genome mapping, and genotyping studies. Circos uses a circular ideogram layout to facilitate the display of relationships between pairs of positions by the use of ribbons, which encode the position, size, and orientation of related genomic elements. Circos is capable of displaying data as scatter, line, and histogram plots, heat maps, tiles, connectors, and text. Bitmap or vector images can be created from GFF-style data inputs and hierarchical configuration files, which can be easily generated by automated tools, making Circos suitable for rapid deployment in data analysis and reporting pipelines.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: Genome Research
Thématique: Genomics and Phylogenetic Studies
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: BC Cancer AgencyCanada's Michael Smith Genome Sciences Centre
Organismes subventionnaires: Terry Fox FoundationGenome British ColumbiaMichael Smith Health Research BCNational Cancer InstituteGenome Canada
Mots-clés: BiologyGenomeVisualizationComputational biologyComparative genomicsGenomicsReference genomeENCODESilhouetteData visualizationComputer scienceGeneticsData miningArtificial intelligenceGene
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2158804744