<i>Cyanidioschyzon merolae</i> Genome. A Tool for Facilitating Comparable Studies on Organelle Biogenesis in Photosynthetic Eukaryotes
Notice bibliographique
Résumé
The ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae lives in the extreme environment of acidic hot springs and is thought to retain primitive features of cellular and genome organization. We determined the 16.5-Mb nuclear genome sequence of C. merolae 10D as the first complete algal genome. BLASTs and annotation results showed that C. merolae has a mixed gene repertoire of plants and animals, also implying a relationship with prokaryotes, although its photosynthetic components were comparable to other phototrophs. The unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii has been used as a model system for molecular biology research on, for example, photosynthesis, motility, and sexual reproduction. Though both algae are unicellular, the genome size, number of organelles, and surface structures are remarkably different. Here, we report the characteristics of double membrane- and single membrane-bound organelles and their related genes in C. merolae and conduct comparative analyses of predicted protein sequences encoded by the genomes of C. merolae and C. reinhardtii. We examine the predicted proteins of both algae by reciprocal BLASTP analysis, KOG assignment, and gene annotation. The results suggest that most core biological functions are carried out by orthologous proteins that occur in comparable numbers. Although the fundamental gene organizations resembled each other, the genes for organization of chromatin, cytoskeletal components, and flagellar movement remarkably increased in C. reinhardtii. Molecular phylogenetic analyses suggested that the tubulin is close to plant tubulin rather than that of animals and fungi. These results reflect the increase in genome size, the acquisition of complicated cellular structures, and kinematic devices in C. reinhardtii.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».