Surveying biotransformations with <i>à la carte</i> genetic traps: translating dehydrochlorination of lindane (gamma‐hexachlorocyclohexane) into <i>lacZ</i> ‐based phenotypes
Notice bibliographique
Résumé
The ability of the product of a desired reaction to activate a bacterial transcriptional regulator was exploited to develop genetic traps that render the catalytic activity born by a DNA clone into a selectable/scorable phenotype. We established this strategy with a system to expose the activity of dehydrochlorinases acting upon gamma-hexachlorocyclohexane (gamma-HCH or lindane). To this end, the effector-binding protein, XylR, was evolved by gene shuffling plus mutagenic polymerase chain reaction to be optimally responsive to the major product of gamma-HCH dehydrochlorination, 1,2,4-trichlorobenzene (TCB). We then derived Escherichia coli strains that constitutively expressed the modified XylR variant (named XylR5) and had lacZ under control of the Pu promoter, which is activated by XylR. A robotic beta-galactosidase assay indicated that when the resulting strain was transformed with a linA+ clone (expressing a gamma-HCH dehydrochlorinase from Sphingomonas paucimobilis UT26), it had levels of beta-galactosidase that were dependent on the gamma-HCH concentration. This à la carte host thus translated the conversion of gamma-HCH to TCB into upregulation of lacZ. An alternate host additionally expressing LacY grew efficiently on lactose only when LacZ was upregulated in a fashion dependent on TCB or other effectors of XylR5. These results demonstrated the power of deriving a host for the genetic scrutiny, rather than enzymatic screening, of clones expressing a given catabolic enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».