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Enregistrement W2159326605 · doi:10.1135/cccc20070153

A Fundamental Relation of Molecular Informatics on the Information-Carrying Properties of Density Functions

2007· article· en· W2159326605 sur OpenAlexaff
Paul G. Mezey

Notice bibliographique

RevueCollection of Czechoslovak Chemical Communications · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésElectron densityChemical physicsElectronMoleculeMacromoleculeContext (archaeology)ChemistryPhysicsStatistical physicsComputational chemistryQuantum mechanicsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The molecular electron density carries the complete information about the molecule. This information is stored in the shape and more general topological features of molecular electron densities. A fundamental relation of molecular informatics, building on the Hohenberg-Kohn theorem, is the holographic electron density theorem: any nonzero volume part of a molecular electron density in a non-degenerate electronic ground state contains the complete information about all properties of the entire molecule. This fundamental feature of all molecules applies to all exhibited and also to all latent molecular properties, where latent properties are those not normally exhibited, only in response to some external stimulus. Recently it has become feasible to compute ab initio quality electron densities and approximate forces acting on individual nuclei in large molecules, even those beyond the thousand atom range, such as proteins. The newly expanded size range where reliable modelling methods can be also applied extends the role of detailed molecular shape analysis to macromolecules. In this context, it has become possible to study how the fundamental information-carrying properties of electron density take a newly recognized role influencing the predominance of specific nuclear conformations within the family of astronomically many potentially stable conformations of some macromolecules. Some special problems and results are discussed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,014
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,014
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0040,005
Études des sciences et des technologies0,0020,015
Communication savante0,0050,014
Science ouverte0,0020,004
Intégrité de la recherche0,0020,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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