Colorimetric In Situ Hybridization Identifies MYC Gene Signal Clusters Correlating With Increased Copy Number, mRNA, and Protein in Diffuse Large B-Cell Lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
Abnormalities of the MYC oncogene on chromosome 8 are characteristic of Burkitt lymphoma and other aggressive B-cell lymphomas, including diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). We recently described a colorimetric in situ hybridization (CISH) method for detecting extra copies of the MYC gene in DLBCL and the frequent occurrence of excess copies of discrete MYC signals in the context of diploidy or polyploidy of chromosome 8, which correlated with increased mRNA signals. We further observed enlarged MYC signals, which were counted as a single gene copy but, by their dimension and unusual shape, likely consisted of "clusters" of MYC genes. In this study, we sought to further characterize these clusters of MYC signals by determining whether the presence of these correlated with other genetic features, mRNA levels, protein, and overall survival. We found that MYC clusters correlated with an abnormal MYC locus and with increased mRNA. MYC mRNA correlated with protein levels, and both increased mRNA and protein correlated with poorer overall survival. MYC clusters were seen in both the germinal center and activated B-cell subtypes of DLBCL. Clusters of MYC signals may be an underappreciated, but clinically important, feature of aggressive B-cell lymphomas with potential prognostic and therapeutic relevance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».