Structure–function analysis of α-helix H4 using PSE-4 as a model enzyme representative of class A β-lactamases
Notice bibliographique
Résumé
We extracted maximum information for structure-function analysis of the PSE-4 class A beta-lactamase by random replacement mutagenesis of three contiguous codons in the H4 alpha-helix at amino acid positions Ala125, Thr126, Met127, Thr128 and Thr129. These positions were predicted to interact with suicide mechanism-based inhibitors when examining the PSE-4 three-dimensional model. Structure-function studies on positions 125-129 indicated that in PSE-4 these amino acids have a role distinct from those in TEM-1, in tolerating substitutions at Ala125 and being invariant at Met127. The importance of Met127 was suspected to be implicated in a structural role in maintaining the integrity of the H4 alpha-helix structure together, thus maintaining the important Ser130-Asp131-Asn132 motif positioned towards the active site. At the structural level, the H4 region was analyzed using energy minimization of the H4 regions of the PSE-4 YAM mutant and compared with wild-type PSE-4. The Tyr 125 of the mutant YAM formed an edge to face pi-pi interaction with Phe 124 which also interacts with the Trp 210 with the same interactions. Antibiotic susceptibilities showed that amino acid changes in the the H4 alpha-helix region of PSE-4 are particularly sensitive to mechanism based-inhibitors. However, kinetic analysis of PSE-4 showed that the two suicide inhibitors belonging to the penicillanic acid sulfone class, sulbactam and tazobactam, were less affected by changes in the H4 alpha-helix region than clavulanic acid, an inhibitor of the oxypenam class. The analysis of H4 alpha-helix in PSE-4 suggests its importance in interactions with the three clinically useful inhibitors and in general to all class A enzymes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».