Haplotype structure of CYP2B6 and association with plasma efavirenz concentrations in a Chilean HIV cohort
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Efavirenz is extensively metabolized by CYP2B6, and associations between CYP2B6 polymorphisms and plasma efavirenz exposure have been reported. The objective of this study was to investigate CYP2B6 haplotype structure and functional consequences in a Latin American population. PATIENTS AND METHODS: Two hundred and nineteen patients were recruited at Fundación Arriarán, Chile, between September and December 2008. Plasma efavirenz concentrations were determined using liquid chromatography with mass spectrometry. Genotyping for 30 single nucleotide polymorphisms (SNPs) with a minor allele frequency of >0.05 in the HapMap CEU population at intervals of approximately 1 kb across the CYP2B6 locus was conducted using Sequenom iPLEX MALDI-TOF. RESULTS: Thirteen SNPs passed quality control and, of these, statistically significant associations (P < 0.001) with plasma efavirenz concentrations were observed for 11. Pairwise tagging SNP analysis (R(2) > 0.8) identified 3 SNPs (rs10403955, rs2279345 and rs8192719) representative of the 11 associated SNPs. A composite genetic model of these three alleles was constructed, and an association between carriers of four to six of these alleles and the risk of efavirenz plasma concentrations >4 microg/mL was identified with an odds ratio of 48.1 (95% confidence interval: 13.5-207.7). This represents a positive predictive value of 80.9% and a negative predictive value of 91.8%, with sensitivity of 57.9% and specificity of 97.2%. CONCLUSIONS: A composite genetic model of CYP2B6 SNPs in a Chilean HIV-positive cohort may have value in predicting concentrations of efavirenz associated with a higher likelihood of CNS toxicity. Further investigation of the functional basis of these associations is now required.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».