Development of kinomic analyses to identify dysregulated signaling pathways in cells expressing cytoplasmic PrP
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Dysregulated protein kinase signaling is involved in the pathogenesis of many chronic diseases. However, the dysregulated signaling pathways critical to prion pathogenesis remain incompletely characterized. Global analyses of signaling pathways may be useful to better characterize these pathways. We therefore set out to develop such global assays. To this end, we used as a model cytoplasmic mutants of the cellular prion protein (PrPC), which are toxic to N2a neuroblastoma cells. We tested the global assays for their sensitivity to detect changes in signaling pathways in cells expressing cytoplasmic PrP mutants. METHODS: We developed a targeted proteomics (kinomics) approach using multiplex Western blots to identify signaling pathways dysregulated in chronic neurological pathologies. We tested the approach for its potential ability to detect signaling changes in N2a cells expressing cytoplasmic PrP mutants. RESULTS: Multiplex Western blots were designed to quantitate the expression levels of 137 protein kinases in a single membrane and using only 1.2 mg of sample. The response of the blots was sensitive and linear to changes of 6% in protein levels. Hierarchical and functional clustering of the relative expression levels identified an mTOR signaling pathway as potentially dysregulated in N2a cells expressing cytoplasmic PrP. The mTOR signaling pathway regulates global protein synthesis, which is inhibited in cells expressing cytoplasmic PrP. The levels of proteins involved in the Akt1/p70S6K branch of mTOR signaling changed in synchrony with time of cytoplasmic PrP expression. Three kinases in this pathway, Akt, p70S6K, and eIF4B were in their inactive states, as evaluated by phosphorylation of their regulatory sites. CONCLUSION: The results presented are consistent with the previously reported inhibition of Akt/p70S6K/eIF4B signaling as mediating pathogenesis of cytoplasmic PrP. We conclude that the kinomic analyses are sensitive and specific to detect signaling pathways dysregulated in a simple in vitro model of PrP pathogenesis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».