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Enregistrement W2159600984 · doi:10.1016/j.celrep.2013.12.032

ZFHX4 Interacts with the NuRD Core Member CHD4 and Regulates the Glioblastoma Tumor-Initiating Cell State

2014· article· en· W2159600984 sur OpenAlexaff
Yakov Chudnovsky, Do‐Hoon Kim, Siyuan Zheng, Warren A. Whyte, Mukesh Bansal, Mark‐Anthony Bray, Shuba Gopal, Matthew Theisen, Steve Bilodeau, Prathapan Thiru, Julien Muffat, Ömer Yılmaz, Maya Mitalipova, Kevin Woolard, Jeongwu Lee, Riko Nishimura, Nobuo Sakata, Howard A. Fine, Anne E. Carpenter, Serena J. Silver, Roel G.W. Verhaak, Andrea Califano, Richard A. Young, Keith L. Ligon, Ingo K. Mellinghoff, David E. Root, David M. Sabatini, William C. Hahn, Milan G. Chheda

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGlioma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensUniversité LavalHôtel-Dieu de Québec
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteNational Institute on AgingNational Human Genome Research InstituteHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésTranscription factorBiologyChromatin remodelingRegulatorCell biologyChromatinCancer researchGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glioblastoma (GBM) harbors subpopulations of therapy-resistant tumor-initiating cells (TICs) that are self-renewing and multipotent. To understand the regulation of the TIC state, we performed an image-based screen for genes regulating GBM TIC maintenance and identified ZFHX4, a 397 kDa transcription factor. ZFHX4 is required to maintain TIC-associated and normal human neural precursor cell phenotypes in vitro, suggesting that ZFHX4 regulates differentiation, and its suppression increases glioma-free survival in intracranial xenografts. ZFHX4 interacts with CHD4, a core member of the nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex. ZFHX4 and CHD4 bind to overlapping sets of genomic loci and control similar gene expression programs. Using expression data derived from GBM patients, we found that ZFHX4 significantly affects CHD4-mediated gene expression perturbations, which defines ZFHX4 as a master regulator of CHD4. These observations define ZFHX4 as a regulatory factor that links the chromatin-remodeling NuRD complex and the GBM TIC state.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations144
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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