Investigations of the genomic region that contains the <i>clf1</i> mutation, a causal gene in multifactorial cleft lip and palate in mice
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Human nonsyndromic cleft lip and palate, CL(P), is genetically complex, with one contributing gene on chromosome 17q. A potentially homologous gene, clf1 on distal chromosome 11, is part of the digenic cause of the 10-30% CL(P) in the A/WySn mouse strain. Here we report our progress toward identifying the clf1 mutation. METHODS: Transcription from all of the known and predicted genes in the 1.5-Mb candidate region was examined in A/WySn and control (AXB-4/Pgn) ED10-11 embryo heads. The marker haplotype for 28 inbred strains across the clf1 region was obtained. The entire transcripts of Wnt9b and Wnt3 in A/WySn were sequenced. Using long PCR, the genomic region from Wnt3 throughWnt9b was screened in A/WySn for an inserted retrotransposon. RESULTS: Gosr2, Wnt9b, Wnt3, Nsf, Arf2, Crhr1, Mapt, Cdc27, Myl4, Itgb3, chr11_20.152, chr11_20.154, chr11_20.155, and chr11_20.156 are expressed in ED10-11 heads. None is absent or detectably reduced in A/WySn. The ancestral pre-clf1 mutation haplotype was found in CBA/J mice. By a test-cross, CBA/J was confirmed to lack the clf1 mutation. Three single-nucleotide variants in A/WySn (vs. C57BL/6J) were found in each of the 3' untranslated regions (3'UTRs) of Wnt3 and of Wnt9b, respectively; their presence in CBA/J shows that none are the clf1 mutation. An inserted intracisternal A particle (IAP) retrotransposon located 6.6 kb from the 3' end of Wnt9b was found in A/WySn and in all clf1 strains tested. This IAP is absent in C57BL/6J and CBA/J. CONCLUSIONS: The clf1 mutation is a genomic alteration present in A/WySn and absent in the ancestral chromosomal segment in CBA/J. The IAP retrotransposon insertion near Wnt9b in A/WySn fits this criterion; we predict that interference with Wnt9b function by this IAP is the clf1 mutation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».