Monitoring for propagules of Ciona intestinalis in marine water samples: the development of temporal gene expression markers for viability and life stage specific assays
Notice bibliographique
Résumé
Due to the challenges of managing invasive species, new technologies to assist in monitoring for the early detection of early life stages of invasive species is critical for many regions of the world. Invasive tunicates have been causing challenges to the shellfish aquaculture industry in Atlantic Canada, with Ciona intestinalis causing the most significant challenges to date. While existing early detection systems for this species depend on morphological screening of preserved water samples or DNA based assay screening of fresh/preserved water samples, these methods are limited as they do not have the ability to evaluate the viability of propagules present, and they are also not able to distinguish between different life stages of C. intestinalis that may be present in water samples. These factors are important since non-viable propagules are not a risk to shellfish regions and unfertilized eggs have a different risk factor than viable free swimming larvae. It is most important for shellfish aquaculture growers to know when free swimming larvae life stages are present in the water so that they can appropriately time their mitigation treatments. This study successfully used RT-qPCR to screen temporally expressed genes for exclusively expressed mRNA transcripts at target life stages of C. intestinalis. In addition, this study identified mRNA transcripts that are quickly degraded post-mortem which makes them excellent candidate markers for larval viability assays. Based on the results of this study, HOX2 or TPM1 markers can be used in RT-qPCR assays to determine whether the C. intestinalis material present in a water samples is an egg or a larvae. Finally the TPM2 marker can be used to evaluate whether the larvae are viable or non-viable. Such an assay would be beneficial in screening water samples around mussel processing plant effluent outflows as well as water samples from ballast water, thereby reducing the potential further spread of the invasive species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».