Multi‐hierarchical macroecology at species and genetic levels to discern neutral and non‐neutral processes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim Large‐scale DNA barcoding allows the simultaneous assessment of variation in community composition at species level and below. We here propose that the patterns emerging across multiple hierarchical levels can be used to discern the effects of neutral and non‐neutral macroecological processes, which otherwise have proven difficult to separate. Location Iberian Peninsula. Methods We performed cox1 barcoding on 20 complete assemblages of leaf beetles for 4533 individuals of 203 species. The neutrality of cox1 sequence evolution was tested using Tajima's test. Haplotypes (n = 2020) were grouped into nested n‐step networks of up to five intraspecific hierarchical levels. We then assessed whether the spatial variation in assemblage composition at all hierarchical levels from haplotype to species was self‐similar (fractal) and predictable from level to level. Results Tajima's test on a subset of widely sampled species (n = 136) was consistent with neutral evolution in 83% of the species, but only 3% of cases exhibited balancing selection. Multiple hierarchical levels representing haplotype genealogies of various ages showed a similar rate of distance decay of assemblage similarity. In addition, we found strong log‐log correlations between hierarchical level (lineage age) and number of lineages, lineage range size and assemblage similarity. Similarity at the species level was strongly correlated to similarity at the haplotype level for the whole assemblage (r2 = 0.75) or for within‐species haplotype similarity (mean r2 = 0.17, SE = 0.03). Main conclusions These findings suggest great regularities in the pattern of assemblage variation at all lineage ages that are best explained by the enduring action of stochastic (neutral) processes of mutation and dispersal. The multi‐hierarchical analysis therefore bridges predictions of the neutral theory of molecular evolution and the neutral theory of biodiversity. Neutral processes thus emerge as a unifying principle of ecology and evolution, which has deep implications in biodiversity assessment and conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».