A remarkably stable kissing-loop interaction defines substrate recognition by the <i>Neurospora</i> Varkud Satellite ribozyme
Notice bibliographique
Résumé
Kissing loops are tertiary structure elements that often play key roles in functional RNAs. In the Neurospora VS ribozyme, a kissing-loop interaction between the stem-loop I (SLI) substrate and stem-loop V (SLV) of the catalytic domain is known to play an important role in substrate recognition. In addition, this I/V kissing-loop interaction is associated with a helix shift in SLI that activates the substrate for catalysis. To better understand the role of this kissing-loop interaction in substrate recognition and activation by the VS ribozyme, we performed a thermodynamic characterization by isothermal titration calorimetry using isolated SLI and SLV stem-loops. We demonstrate that preshifted SLI variants have higher affinity for SLV than shiftable SLI variants, with an energetic cost of 1.8-3 kcal/mol for the helix shift in SLI. The affinity of the preshifted SLI for SLV is remarkably high, the interaction being more stable by 7-8 kcal/mol than predicted for a comparable duplex containing three Watson-Crick base pairs. The structural basis of this remarkable stability is discussed in light of previous NMR studies. Comparative thermodynamic studies reveal that kissing-loop complexes containing 6-7 Watson-Crick base pairs are as stable as predicted from comparable RNA duplexes; however, those with 2-3 Watson-Crick base pairs are more stable than predicted. Interestingly, the stability of SLI/ribozyme complexes is similar to that of SLI/SLV complexes. Thus, the I/V kissing loop interaction represents the predominant energetic contribution to substrate recognition by the trans-cleaving VS ribozyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».