Biosynthesis of the dideoxysugar component of jadomycin B: genes in the jad cluster of Streptomyces venezuelae ISP5230 for l-digitoxose assembly and transfer to the angucycline aglycone The GenBank accession number for the sequence reported in this paper is AY026363.
Notice bibliographique
Résumé
Eight additional genes, jadX, O, P, Q, S, T, U and V, in the jad cluster of Streptomyces venezuelae ISP5230, were located immediately downstream of jadN by chromosome walking. Sequence analyses and comparisons implicated them in biosynthesis of the 2,6-dideoxysugar in jadomycin B. The genes were cloned in Escherichia coli, inactivated by inserting an apramycin resistance cassette with a promoter driving transcription of downstream genes, and transferred into Streptomyces venezuelae by intergeneric conjugation. Analysis by HPLC and NMR of intermediates accumulated by cultures of the insertionally inactivated Streptomyces venezuelae mutants indicated that jadO, P, Q, S, T, U and V mediate formation of the dideoxysugar moiety of jadomycin B and its attachment to the aglycone. Based on these results and sequence similarities to genes described in other species producing deoxysugar derivatives, a biosynthetic pathway is proposed in which the jadQ product (glucose-1-phosphate nucleotidyltransferase) activates glucose to its nucleotide diphosphate (NDP) derivative, and the jadT product (a 4,6-dehydratase) converts this to NDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose. An NDP-hexose 2,3-dehydratase and an oxidoreductase, encoded by jadO and jadP, respectively, catalyse ensuing reactions that produce an NDP-2,6-dideoxy-D-threo-4-hexulose. The product of jadU (NDP-4-keto-2,6-dideoxy-5-epimerase) converts this intermediate to its L-erythro form and the jadV product (NDP-4-keto-2,6-dideoxyhexose 4-ketoreductase) reduces the keto group of the NDP-4-hexulose to give an activated form of the L-digitoxose moiety in jadomycin B. Finally, a glycosyltransferase encoded by jadS transfers the activated sugar to jadomycin aglycone. The function of jadX is unclear; the gene is not essential for jadomycin B biosynthesis, but its presence ensures complete conversion of the aglycone to the glycoside. The deduced amino acid sequence of a 612 bp ORF (jadR*) downstream of the dideoxysugar biosynthesis genes resembles many TetR-family transcriptional regulator sequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».