Functional reconstitution of an unusual <i>Firmicutes</i> σ factor into a Gram-negative heterologous host
Notice bibliographique
Résumé
Sigma (σ) factors are single-subunit proteins that reversibly bind RNA polymerase and play an important role in the transcription initiation process. An unusual 2-subunit σ factor, consisting of proteins SigO and RsoA, activates transcription from a group of related promoters in Bacillus subtilis. These 2 proteins specifically interact with each other and with RNA polymerase subunits. This system is widespread among species in several Bacillus-related genera, but otherwise appears restricted to the Firmicutes. Here, we reconstituted SigO-RsoA, and a cognate promoter, into the distantly related heterologous host Escherichia coli to examine whether this system can function in bacteria outside of the Firmicutes. We show that these proteins can productively associate with E. coli RNA polymerase and activate transcription, demonstrating that there are no structural barriers to function. In parallel, we tested a wide array of protein-protein interaction mutations and promoter mutations that impact SigO-RsoA function in both B. subtilis and E. coli and conclude that the SigO-RsoA system behaves, in most instances, similarly in both genetic backgrounds. These data raise the possibility of genetically isolating the system in this heterologous host and away from unknown B. subtilis factors that may also be playing a role in SigO-RsoA regulatory pathways, thus facilitating further study of the system. As a result of this work, we also provide a comprehensive mutational analysis of a SigO-RsoA promoter and report the preliminary identification of amino acids in SigO that play a role in mediating the SigO-RsoA protein-protein interaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».