Definition of the Mycobacterial SOS Box and Use To Identify LexA-Regulated Genes in<i>Mycobacterium tuberculosis</i>
Notice bibliographique
Résumé
The bases of the mycobacterial SOS box important for LexA binding were determined by replacing each base with every other and examining the effect on the induction of a reporter gene following DNA damage. This analysis revealed that the SOS box was longer than originally thought by 2 bp in each half of the palindromic site. A search of the Mycobacterium tuberculosis genome sequence with the new consensus, TCGAAC(N)(4)GTTCGA, identified 4 sites which were perfect matches and 12 sites with a single mismatch which were predicted to bind LexA. Genes which could potentially be regulated by these SOS boxes were ascertained from their positions relative to the sites. Examination of expression data for these genes following DNA damage identified 12 new genes which are most likely regulated by LexA as well as the known M. tuberculosis DNA damage-inducible genes recA, lexA, and ruvC. Of these 12 genes, only 2 have a predicted function: dnaE2, a component of DNA polymerase III, and linB, which is similar to 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cylcohexadiene hydrolase. Curiously, of the remaining 10 genes predicted to be LexA regulated, 7 are members of the M. tuberculosis 13E12 repeat family, which has some of the characteristics of mobile elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».