Methods for Monitoring Endoplasmic Reticulum Stress and the Unfolded Protein Response
Notice bibliographique
Résumé
The endoplasmic reticulum (ER) is the site of folding of membrane and secreted proteins in the cell. Physiological or pathological processes that disturb protein folding in the endoplasmic reticulum cause ER stress and activate a set of signaling pathways termed the Unfolded Protein Response (UPR). The UPR can promote cellular repair and sustained survival by reducing the load of unfolded proteins through upregulation of chaperones and global attenuation of protein synthesis. Research into ER stress and the UPR continues to grow at a rapid rate as many new investigators are entering the field. There are also many researchers not working directly on ER stress, but who wish to determine whether this response is activated in the system they are studying: thus, it is important to list a standard set of criteria for monitoring UPR in different model systems. Here, we discuss approaches that can be used by researchers to plan and interpret experiments aimed at evaluating whether the UPR and related processes are activated. We would like to emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation and strongly recommend the use of multiple assays to verify UPR activation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».