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Enregistrement W2160464122 · doi:10.1042/bj20100111

Interaction of iron regulatory protein-1 (IRP-1) with ATP/ADP maintains a non-IRE-binding state

2010· article· en· W2160464122 sur OpenAlexafffund
Zvezdana Popović, Douglas M. Templeton

Notice bibliographique

RevueBiochemical Journal · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensCanada Research ChairsUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésAconitaseNucleotideATP hydrolysisAdenosine triphosphateBiochemistryAdenosine diphosphateGTP'ChemistryCytosolBinding siteATPaseBinding proteinEnzymeBiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In its aconitase-inactive form, IRP-1 (iron regulatory protein-1)/cytosolic aconitase binds to the IRE (iron-responsive element) of several mRNAs to effect post-transcriptional regulation. We have shown previously that IRP-1 has ATPase activity and that binding of ATP suppresses the IRP-1/IRE interaction. In the present study, we characterize the binding activity further. Binding is observed with both [alpha-32P]ATP and [alpha-32P]ADP, but not with [gamma-32P]ATP. Recombinant IRP-1 binds approximately two molecules of ATP, and positive co-operativity is observed with a Hill coefficient of 1.67+/-0.36 (EC50=44 microM) commencing at 1 microM ATP. Similar characteristics are observed with both apoprotein and the aconitase form. On binding, ATP is hydrolysed to ADP, and similar binding parameters and co-operativity are seen with ADP, suggesting that ATP hydrolysis is not rate limiting in product formation. The non-hydrolysable analogue AMP-PNP (adenosine 5'-[beta,gamma-imido]triphosphate) does not induce co-operativity. Upon incubation of IRP-1 with increasing concentrations of ATP or ADP, the protein migrates more slowly on agarose gel electrophoresis, and there is a shift in the CD spectrum. In this new state, adenosine nucleotide binding is competed for by other nucleotides (CTP, GTP and AMP-PNP), although ATP and ADP, but not the other nucleotides, partially stabilize the protein against spontaneous loss of aconitase activity when incubated at 37 degrees C. A mutant IRP-1(C437S) lacking aconitase activity shows only one ATP-binding site and lacks co-operativity. It has increased IRE-binding capacity and lower ATPase activity (Km=75+/-17 nmol/min per mg of protein) compared with the wild-type protein (Km=147+/-48 nmol/min per mg of protein). Under normal cellular conditions, it is predicted that ATP/ADP will maintain IRP-1 in a non-IRE-binding state.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,415

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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