An RNA ligase-mediated method for the efficient creation of large, synthetic RNAs
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
RNA ligation has been a powerful tool for incorporation of cross-linkers and nonnatural nucleotides into internal positions of RNA molecules. The most widely used method for template-directed RNA ligation uses DNA ligase and a DNA splint. While this method has been used successfully for many years, it suffers from a number of drawbacks, principally, slow and inefficient product formation and slow product release, resulting in a requirement for large quantities of enzyme. We describe an alternative technique catalyzed by T4 RNA ligase instead of DNA ligase. Using a splint design that allows the ligation junction to mimic the natural substrate of RNA ligase, we demonstrate several ligation reactions that appear to go nearly to completion. Furthermore, the reactions generally go to completion within 30 min. We present data evaluating the relative importance of various parameters in this reaction. Finally, we show the utility of this method by generating a 128-nucleotide pre-mRNA from three synthetic oligoribonucleotides. The ability to ligate synthetic or in vitro transcribed RNA with high efficiency has the potential to open up areas of RNA biology to new functional and biophysical investigation. In particular, we anticipate that site-specific incorporation of fluorescent dyes into large RNA molecules will yield a wealth of new information on RNA structure and function.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle