Disruption of chromosome 11 in canine fibrosarcomas highlights an unusual variability of CDKN2B in dogs
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: In dogs in the western world neoplasia constitutes the most frequently diagnosed cause of death. Although there appear to be similarities between canine and human cancers, rather little is known about the cytogenetic and molecular alterations in canine tumours. Different dog breeds are susceptible to different types of cancer, but the genetic basis of the great majority of these predispositions has yet to be discovered. In some retriever breeds there is a high incidence of soft tissue sarcomas and we have previously reported alterations of chromosomes 11 and 30 in two poorly differentiated fibrosarcomas. Here we extend our observations and present a case report on detail rearrangements on chromosome 11 as well as genetic variations in a tumour suppressor gene in normal dogs. RESULTS: BAC hybridisations on metaphases of two fibrosarcomas showed complex rearrangements on chromosome 11, and loss of parts of this chromosome. Microsatellite markers on a paired tumour and blood DNA pointed to loss of heterozygosity on chromosome 11 in the CDKN2B-CDKN2A tumour suppressor gene cluster region. PCR and sequencing revealed the homozygous loss of coding sequences for these genes, except for exon 1beta of CDKN2A, which codes for the N-terminus of p14ARF. For CDKN2B exon 1, two alleles were observed in DNA from blood; one of them identical to the sequence in the dog reference genome and containing 4 copies of a 12 bp repeat found only in the canine gene amongst all species so far sequenced; the other allele was shorter due to a missing copy of the repeat. Sequencing of this exon in 141 dogs from 18 different breeds revealed a polymorphic region involving a GGC triplet repeat and a GGGGACGGCGGC repeat. Seven alleles were recorded and sixteen of the eighteen breeds showed heterozygosity. CONCLUSION: Complex chromosome rearrangements were observed on chromosome 11 in two Labrador retriever fibrosarcomas. The chromosome alterations were reflected in the loss of sequences corresponding to two tumour suppressor genes involved in cell-cycle progression. Sequencing of CDKN2B across many different breeds revealed a widespread polymorphism within the first exon of the gene, immediately before the ankyrin coding sequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».