Isolation and characterization of chitinases from <i>Verticillium lecanii</i>
Notice bibliographique
Résumé
Degenerate PCR primers corresponding to conserved domains of fungal chitinases were designed, and PCR was performed on genomic DNA of the entomogenous fungus Verticillium lecanii (Zimmermann) Viegas. Two distinct PCR fragments, chf1 and chf2, were isolated and used to identify two DNA contigs. Analyses of these two contigs revealed that we had obtained the full-length DNA sequence including the promoter, 5' untranslated region, open reading frame (ORF), and 3' untranslated regions for two distinct chitinase-like genes. These two genomic DNA sequences exhibited 51% identity at the amino acid (aa) level and were designed as acidic (chi1) and basic (chi2) chitinase-like genes. The isolated cDNA for chi1 gene is 1110 bp with a predicted protein of 370 aa and molecular mass of 40.93 kDa, and its ORF was uninterrupted in its corresponding genomic DNA sequence. The cDNA for the chi2 gene is 1269 bp, a predicted ORF of 423 aa and molecular mass of 45.95 kDa. In contrast, the ORF was interrupted by three introns in its corresponding genomic DNA. The basic chitinase gene (chi2) was successfully expressed in the Pichia pastoris system; optimum enzymatic activity was observed at 22 degrees C and at pH 7.5. CHI1 and CHI2 were clustered into two different phylogenetic groups according to their sequence alignments with 28 other fungal chitinases. A chitin-binding domain, comprising two sub-domains that exhibit similarities at the aa level to chitin binding domains in bacteria, was identified in 30 fungal chitinase sequences examined.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».