Identification of a direct Dlx homeodomain target in the developing mouse forebrain and retina by optimization of chromatin immunoprecipitation
Notice bibliographique
Résumé
Understanding homeobox gene specificity and function has been hampered by the lack of proven direct transcriptional targets during development. Dlx genes are expressed in the developing forebrain, retina, craniofacial structures and limbs. Dlx1/Dlx2 double knockout mice die at birth with multiple defects including abnormal forebrain development and decreased Dlx5 and Dlx6 expression. We have successfully applied chromatin immunoprecipitation (ChIP) to identify a direct transcriptional target of DLX homeoproteins from embryonic tissues in vivo. We optimized cross-linking conditions to enrich for protein-DNA complexes, then using specific high affinity DLX antibodies captured immunoenriched DLX genomic DNA transcriptional targets. DLX homeobox proteins bind differentially to the Dlx5/Dlx6 intergenic enhancer in newborn retina (DLX2) and embryonic striatum (DLX1, DLX2) in situ. Reporter gene assays demonstrated the functional significance of the binding of DLX proteins to this regulatory element, confirmed in vitro by electrophoretic mobility shift assays, using tissue extracts or recombinant DLX proteins. ChIP provides the best approach to identify direct Dlx homeoprotein targets from developing tissues in situ. The use of this technology will advance our understanding of Dlx gene function in the vertebrate in vivo and can be applied to examine targets of other homeobox genes and other classes of transcription factors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».