Transcriptional regulation, occurrence and putative role of the Pht family of Streptococcus pneumoniae
Notice bibliographique
Résumé
Restricted to the genus Streptococcus, the Pht protein family comprises four members: PhtA, PhtB, PhtD and PhtE. This family has the potential to provide a protein candidate for incorporation in pneumococcal vaccines. Based on sequence analysis and on RT-PCR experiments, we show here that the pht genes are organized in tandem but that their expression, except that of phtD, is monocistronic. PhtD, PhtE, PhtB and PhtA are present in 100, 97, 81 and 62 % of the strains, respectively, and, by analysing its sequence conservation across 107 pneumococcal strains, we showed that PhtD displays very little variability. To analyse the physiological function of these proteins, several mutants were constructed. The quadruple Pht-deficient mutant was not able to grow in a poor culture medium, but the addition of Zn(2+) or Mn(2+) restored its growth capacity. Moreover, the phtD mRNA expression level increased when the culture medium was depleted in zinc. Therefore, we suggest that these proteins are zinc and manganese scavengers, and are able to store these metals and to release them when the bacterium faces an ion-restricted environment. The data also showed that this protein family, and more particularly PhtD, is a promising candidate to be incorporated into pneumococcal vaccines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».