A Systematic Approach to Analysing Gene-Gene Interactions: Polymorphisms at the Microsomal Epoxide Hydrolase <i>EPHX</i> and Glutathione <i>S</i>-transferase <i>GSTM1, GSTT1</i>, and <i>GSTP1</i> Loci and Breast Cancer Risk
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: We undertook a case-control study in an Australian Caucasian population-based sample of 1,246 cases and 664 controls to assess the roles of detoxification gene polymorphisms EPHX T>C Tyr(113)His, GSTT1 deletion, GSTM1 deletion, and GSTP1 A>G Ile(105)Val on risk of breast cancer. METHODS: We systematically addressed the main effects and possible gene-gene interactions using unconditional logistic regression to estimate odds ratios (OR) adjusted for potential confounders and using standard model building approaches based on likelihood theory. RESULTS: There was a decreased risk associated with the EPHX CC genotype [OR, 0.60; 95% confidence interval (95% CI), 0.43-0.84; P = 0.003], marginally significant evidence of increased risk with GSTM1 null genotype (OR, 1.21; 95% CI, 1.00-1.47; P = 0.05), but no association with GSTT1 null genotype (OR, 1.12; 95% CI, 0.86-1.45; P = 0.4) or GSTP1 (OR, 0.95; 95% CI, 0.82-1.10; P = 0.5) genotype. The full model with all interactions gave a significantly better fit than a main-effects-only model (P < 0.001), providing evidence for gene-gene interactions. The most parsimonious model included main effects for EPHX, GSTT1, and GSTM1; a two-way interaction between EPHX and GSTM1; and a three-way interaction between EPHX, GSTM1, and GSTT1. Predicted risks were greatest for women carrying deletions of both GSTT1 and GSTM1, with either the EPHX TC genotype (OR, 2.02; 95% CI, 1.19-3.45; P = 0.009) or EPHX CC genotype (OR, 3.54; 95% CI, 1.29-9.72; P = 0.14). CONCLUSION: Detoxification gene polymorphisms may interact with each other to result in small groups of individuals at modestly increased risk. We caution against overinterpretation and suggest that pooling of similarly large studies is needed to clarify the possible role of such complex gene-gene interactions on breast cancer risk. 2007;16(4):769-74).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,028 | 0,053 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».