Identification of a functional SNP in an asthma gene: IL1RL1
Notice bibliographique
Résumé
Our aim is to identify causal variants for the IL1RL1 gene previously associated with asthma and related phenotypes as well as perform functional assays to uncover the mechanism underlying its involvement in the disease pathogenesis. IL1RL1 has been shown to be sufficient to induce experimental allergic airway inflammation using transgenic and knockdown mouse models. Its expression has been shown to increase in murine and human asthmatic lungs; the ligand for IL1RL1 is Interleukin-33 ( IL33) . The signaling cascade resulting from the binding of TSLP and IL33 is crucial in eosinophilic inflammation characteristic of asthma. The IL1RL1 gene lies in chromosome 2 in the midst of a cytokine gene cluster with IL1R1 , IL1RL2 , IL18R1 and IL18RAP : all encoding for proteins involved in the immune response characteristic of asthma. The region is in relatively high linkage disequilibrium, thus an excellent candidate for narrowing down the asthma association signal to one or more causal SNPs. Firstly, a putative causal SNP is identified based on previous association data, or linkage disequilibrium with associated SNPs, conservation scores and putative binding of regulatory proteins. DNA samples from asthmatics and controls are then genotyped for the candidate SNP using Taqman technology in order to relate genotypes to potential alteration of gene expression. Gene expression assays will be performed to compare levels of expression between the different genotypes as well as between the two SNP alleles. These real time-polymerase chain reaction (RT-PCR) experiments will be conducted for both IL1RL1 isoforms in order to also assess their differential expression depending on our candidate SNP genotype. If changes in expression are observed, we will perform electrophoretic mobility shift assays in order to test if the differential expression is due to the differential binding of a regulatory protein depending on the SNP allele. In order to further confirm that the SNP site is in an important region for gene expression regulation we will perform formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements (FAIRE); a method which discriminates between DNA sequences depending on the presence or lack of nucleosome structures. The absence of nucleosome indicates that the region is active and accessible to regulatory elements and thus important for gene regulation.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».