Ab Initio Study of Lowest-Energy Conformers of Lewis X (Le<sup>x</sup>) Trisaccharide
Notice bibliographique
Résumé
This paper presents the first ab initio conformational study of the Gal-β-1,4-[Fuc-α-1,3]-GlcNAc-β-OCH3 and Gal-β-1,4-[Fuc-α-1,3]-GlcNAc-β-OH trisaccharides (Lewis x) in the gas phase. Their lowest-energy conformers were selected first by the MM2*-SUMM conformational search technique. MM2* relative energies do not follow the same order for the two similar compounds. The molecular geometries and energies of the lowest-energy rotamers (7 of the acetal and 11 of the hemiacetal) were further analyzed at the HF/6-31G(d) level of theory. The ab initio method yields the same energetic order for the rotamers of the two molecules with considerably larger energetic differences for the first 7 rotamers: the MM2* method provides 0.3−0.5 kcal/mol, whereas the HF/6-31G(d) method provides 4.5 kcal/mol. In the most stable MM2* structures the hydrogen-bonded chains of galactose (in counterclockwise direction) and fucose (in clockwise direction) are not connected. The Gal(O6H) is a hydrogen bond donor (in clockwise direction) to the O3 glycosidic oxygen of GlcNAc. The Fuc(O2H)→(O C)GlcNAc interaction connects the fucose and GlcNAc. In contrast, the most stable HF/6-31G(d) structure has a long chain of seven ordered hydrogen bonds including a Gal(O6H)→(O3)Fuc interaction (with clockwise hydrogen-bonded chain in galactose and fucose). The torsion angles for Fuc-α-1,3-GlcNAc and Gal-β-1,4-GlcNAc glycosidic bonds agree well in the solid, liquid, and gas phases. For example there is a rather good overlap between the GlcNAc moiety of one of the X-ray structures and the most similar HF/6-31G(d) structure. The stacking of the fucose and galactose moieties is similar. The orientations of the hydroxyl groups are usually different, as they are influenced by intramolecular hydrogen bonding in the gas-phase Hartree−Fock structure versus intermolecular hydrogen bonding in the solid-phase X-ray structure.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».