Optimization of a semi-nested multiplex PCR to identify Plasmodium parasites in wild-caught Anopheles in Bolivia, and its application to field epidemiological studies
Notice bibliographique
Résumé
Without an adequate DNA extraction protocol, the identification of Plasmodium species in whole mosquitoes by PCR is difficult because of the presence of reaction inhibitors from the insects. In this study, eight DNA extraction protocols were tested, from which a chelex-based protocol was selected. Then a semi-nested multiplex PCR technique that detects and distinguishes among the four human Plasmodium species in single mosquitoes and in pools of up to 100 mosquitoes was optimized. The technique was used to detect P. vivax in wild-caught Anopheles pseudopunctipennis from a village in the Andean valleys of Bolivia in May 2003. The prevalence of infection was 0.9%. This is the first direct evidence of P. vivax transmission by this vector in this country. The extraction and PCR technique presented here can be useful to: (1) estimate Plasmodium prevalence in Anopheles populations in low prevalence areas where large numbers of individual mosquitoes would need to be processed to obtain a reliable estimate; (2) incriminate Anopheles species as malaria vectors; (3) identify all the circulating Plasmodium species in vectors from an area; (4) detect mixed infections in mosquitoes; and (5) detect mosquitoes with low-level parasite infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».