Postglacial history of a widespread conifer produces inverse clines in selective neutrality tests
Notice bibliographique
Résumé
Deviations of the site frequency spectrum of mutations (SFS) from neutral expectations may be caused by natural selection or by demographic processes such as population subdivision or temporal changes in population size. As most widespread temperate and boreal tree species have expanded from glacial refugia in the past 13,000 years, colonization bottlenecks associated with this migration may have left variable demographic signatures among geographic populations corresponding to distance from the refugia. To determine whether the signature of postglacial re-colonization has skewed the SFS in the widely distributed conifer Sitka spruce (Picea sitchensis (Bong.) Carr.), we re-sequenced 153 nuclear genes in six populations from across the species range. We found that while the SFS for the pooled sample produced negative values for Tajima's D and Fay and Wu's H, these statistics exhibited strong clinal variation when populations were analysed separately (R(2) = 0.84, P = 0.007 for Tajima's D and R(2) = 0.65, P = 0.033 for Fay and Wu's H). When historical bottlenecks of varying age were simulated using approximate Bayesian computation, distance of populations from the southern range limit explained most of the variation in bottleneck timing among populations (R(2) = 0.89, P = 0.003). These data suggest that sequential population bottlenecks during postglacial re-colonization have resulted in diverse among-population signatures within the contemporary SFS in Sitka spruce, with rare variants more common in the south, and medium-frequency variants more common in the north. Our results also emphasize the need to consider sampling strategy and to explore population-specific null demographic models in surveys of nucleotide variation in widely distributed species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».