Diversity of Basidiomycetes in Michigan Agricultural Soils
Notice bibliographique
Résumé
We analyzed the communities of soil basidiomycetes in agroecosystems that differ in tillage history at the Kellogg Biological Station Long-Term Ecological Research site near Battle Creek, Michigan. The approach combined soil DNA extraction through a bead-beating method modified to increase recovery of fungal DNA, PCR amplification with basidiomycete-specific primers, cloning and restriction fragment length polymorphism screening of mixed PCR products, and sequencing of unique clones. Much greater diversity was detected than was anticipated in this habitat on the basis of culture-based methods or surveys of fruiting bodies. With "species" defined as organisms yielding PCR products with > or =99% identity in the 5' 650 bases of the nuclear large-subunit ribosomal DNA, 241 "species" were detected among 409 unique basidiomycete sequences recovered. Almost all major clades of basidiomycetes from basidiomycetous yeasts and other heterobasidiomycetes through polypores and euagarics (gilled mushrooms and relatives) were represented, with a majority from the latter clade. Only 24 of 241 "species" had 99% or greater sequence similarity to named reference sequences in GenBank, and several clades with multiple "species" could not be identified at the genus level by phylogenetic comparisons with named sequences. The total estimated "species" richness for this 11.2-ha site was 367 "species" of basidiomycetes. Since >99% of the study area has not been sampled, the accuracy of our diversity estimate is uncertain. Replication in time and space is required to detect additional diversity and the underlying community structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».