Identification and functional characterization of an alternative 5’ exon of the sodium dependent ascorbic acid transporter SLC23A1 (818.5)
Notice bibliographique
Résumé
Vitamin C, an essential micronutrient and a critical cofactor for several intracellular enzymatic reactions, is actively transported across epithelial barriers through the sodium‐dependent ascorbic acid transporter 1 (SLC23A1). The SLC23A1 gene encodes SLC23A1 transporter and is located on human chromosome 5q31.2 (138702885‐138719039 compl.; NC_000005.9). Previously, the SLC23A1 transcript has been described as containing 15 exons, stretching over 16 kilobases; however, no alternative splice variant has been described yet. Variations in SLC23A1 gene would impact vitamin C dietary requirements and/or susceptibility to common complex diseases. We have, therefore, evaluated the existence of additional SLC23A1 transcripts in silico and examined the function of new transcript through Xenopus laevis oocytes injection. Here, we characterized a novel alternative first exon encoding a SLC23A1 isoform which is exclusive to human and is expressed in the small intestine. The novel SLC23A1 protein isoform adds 36 N‐terminal amino acids but does not alter transmembrane topology or intracellular location. The novel SLC23A1 isoform is located on the plasma membrane and mediates very low ascorbic acid transport when expressed in Xenopus laevis oocytes. This is the first report of an alternative splice variant in human SLC23A1 locus and confirmed an extension of about 1kb further 5’ than previously described gene. Grant Funding Source : This work was funded through Peter Eck’s Canada Research Chair in Nutrigenomics award and in part b
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».