Developmentally regulated cleavage of tRNAs in the bacterium Streptomyces coelicolor
Notice bibliographique
Résumé
The ability to sense and respond to environmental and physiological signals is critical for the survival of the soil-dwelling Gram-positive bacterium Streptomyces coelicolor. Nutrient deprivation triggers the onset of a complex morphological differentiation process that involves the raising of aerial hyphae and formation of spore chains, and coincides with the production of a diverse array of clinically relevant antibiotics and other secondary metabolites. These processes are tightly regulated; however, the genes and signals involved have not been fully elucidated. Here, we report a novel tRNA cleavage event that follows the same temporal regulation as morphological and physiological differentiation, and is growth medium dependent. All tRNAs appear to be susceptible to cleavage; however, there appears to be a bias towards increased cleavage of those tRNAs that specify highly utilized codons. In contrast to what has been observed in eukaryotes, accumulation of tRNA halves in S. coelicolor is not significantly affected by amino acid starvation, and is also not affected by induction of the stringent response or inhibition of ribosome function. Mutants defective in aerial development and antibiotic production exhibit altered tRNA cleavage profiles relative to wild-type strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».